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Ma recherche en série : le doctorat en biologie de Rose Ragot

3 juin 2022 | Un texte de Rose Ragot

Mise à jour : 3 juin 2022

La recherche nous offre l’occasion de donner du sens et de façonner, peut-être, les prémices du monde de demain.

Rose sur le terrain lors des échantillonnages à Ville-Marie (Témiscamingue). Crédit: Florence Lessard (Fondation rivière).

L’eau est l’essence même de l’humanité et de toute vie sur Terre. Pourtant, sa valeur est bien trop souvent négligée. Préserver la quantité et la qualité de l’eau relève d’un enjeu mondial face à la pression démographique, aux pollutions de l’eau et aux changements climatiques. Nous avons pour responsabilité d’assurer un accès à l’eau potable pour tous, un droit inaliénable pour nous et les générations futures. C’est dans ce contexte que s’est inscrite ma volonté de faire de la recherche dans ce domaine.

J’ai découvert la microbiologie de l’eau lors d’un cursus scolaire pour l’obtention d’un diplôme universitaire en génie biologie et environnement en France. J’ai été fascinée par un paradoxe selon lequel les bactéries sont un socle pour la résilience de la nature, mais potentiellement dangereuses pour la santé humaine. C’est donc tout naturellement que j’ai poursuivi mes études à la maîtrise en sciences de l’eau à Montpellier (France). Mais ma passion pour la recherche en microbiologie de l’eau a pris tout son sens lors de mes premiers stages de maîtrise à Hydro-Sciences Montpellier (France). Ces derniers portaient sur la dissémination des bactéries intestinales multirésistantes aux antibiotiques dans les rivières. Cette expérience m’a convaincue de poursuivre en doctorat dans le domaine de la microbiologie de l’eau dans le laboratoire du professeur Richard Villemur.


Trouver les sources de pollution

Nous avons développé un projet visant à dépister les sources de pollutions fécales dans les eaux de rivières du Québec. Ces dernières sont un réservoir important de virus, de parasites et de bactéries qui sont responsables de nombreuses maladies humaines. Les animaux à sang chaud sont les principaux vecteurs de ces maladies à l’origine de 485 000 décès par année d’après l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Les plus connues sont la gastro-entérite, le choléra, la fièvre typhoïde ou la giardiase.

Les sources de pollution fécale sont nombreuses et difficiles à contrôler. En effet, elles peuvent provenir à la fois des activités humaines (égouts, débordements de stations de traitement des eaux usées, fosses septiques défaillantes), de l’agriculture (élevages intensifs, épandage de lisiers comme engrais, drainage des sols) ou de la faune sauvage vivant aux abords des cours d’eau.

Photo prise sur le terrain lors des échantillonnages sur l’Ile Vessot à Saint-Paul. Crédit: Florence Lessard.

Actuellement, nous avons recours à des indicateurs bactériologiques et physico-chimiques pour évaluer la qualité de l’eau et vérifier qu’elle ne présente pas de risque sanitaire. Ces indicateurs sont confrontés aux normes en vigueur établies selon les différents usages de l’eau (eau de consommation humaine, irrigation, récréative, etc.). Néanmoins, ces indicateurs ne permettent pas d’identifier les animaux à l’origine des contaminations fécales, empêchant la mise en place de mesures adaptées pour protéger les ressources en eau.


L’ADN comme outil

C’est pourquoi nous proposons d’utiliser l’ADN mitochondrial pour identifier les sources de pollution fécale de l’eau. En effet, les intestins des animaux sont constitués de cellules qui renferment plusieurs milliers de mitochondries. Ces dernières disposent elles-mêmes de dizaines d’ADN mitochondrial qui est relâché dans les matières fécales. De forme circulaire, l’ADN mitochondrial présente des régions variables et spécifiques à chaque espèce. En exploitant une de ces régions par séquençage de l’ADN, il est possible d’identifier les animaux à l’origine de la pollution fécale en fonction de l’abondance des espèces identifiées dans l’échantillon d’eau.

Grâce à notre collaboration avec la Fondation Rivières et l’Organisme de bassin versant du Témiscamingue (OBVT), nous avons effectué un diagnostic des problématiques rencontrées dans les bassins versants de la rivière de L’Assomption et du Témiscamingue (sous bassin de Ville-Marie). Au cours de notre étude, nous avons réalisé que les épisodes pluvieux et la fonte des neiges étaient la première cause de surverses d’eaux usées non traitées directement dans les cours d’eau. En effet, les stations de traitement des eaux usées se trouvaient en incapacité à recevoir un aussi grand volume d’eau. Par ailleurs, nous avons constaté que les épisodes pluvieux multipliaient les sources de pollution fécales des rivières. Des sources humaines, d’animaux d’élevages (bovins, porcins, volaille) et d’animaux sauvages (bernaches du Canada, rat musqué) ont couramment été suspectées simultanément.

Sur le terrain lors des échantillonnages à l’embouchure de la rivière Ouareau à Saint-Paul. Crédit: Florence Lessard.

Outre l’aspect sanitaire, les pollutions fécales des eaux de rivières présentent un risque environnemental majeur. Elles entrainent l’asphyxie des poissons, leur exposition à des substances toxiques et la disparition de certaines espèces les plus sensibles au profit des plus résistantes.


Bien plus qu’un diplôme

Au fil de ce parcours, nombreuses ont été les prises de conscience sur les effets délétères que l’humain exerce sur l’environnement. Celles-ci m’ont poussé à participer activement aux enjeux environnementaux, à réduire ma consommation d’eau, favoriser les produits biodégradables et à sélectionner les denrées alimentaires qui nécessitent moins d’intrants (eau et engrais).  

Livie Lestin (à gauche) et Rose Ragot (à droite) aux journées intercentre de l’INRS qui permet aux membres étudiants de tisser des liens uniques de soutient qui poussent à donner le meilleur de soi-même dans la science et le partage. Crédit: Livie Lestin.

Bien plus qu’un diplôme, la recherche se révèle être un lieu de philosophie, de liberté et d’expression créative ; de riches notions pour le développement professionnel et personnel. Elle nous apprend à cultiver nos intuitions pour participer au changement que l’on veut voir en ce monde. L’interdisciplinarité autour d’un même projet est un terreau d’idées, de motivation, d’intégrité et de soutien, qui encouragent les membres de l’équipe à prendre des initiatives grandioses. Cette expérience en doctorat m’a fait comprendre qu’avec de l’entraide, de l’humilité, de la résilience et de la persévérance, ce que l’on croyait impossible devenait possible.