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Développement d’outils pour l’analyse de bases de données multi-omiques chez les espèces sentinelles pour mesurer l’impact des changements climatiques sur les écosystèmes marins

  • Maîtrise
  • Automne
  • Hiver
  • Bourse offerte

Description du projet 

Depuis quelques années, notre équipe de recherche exploite les avancées en recherche biomédicale au profit d’un nouveau programme de recherche en biologie marine visant à étudier l’impact des activités humaines sur les écosystèmes marins côtiers en régions polaires. Nous portons une attention particulière au concept de biopsies liquides. Ce concept, en émergence dans le domaine du cancer, est basé sur l’analyse par séquençage à haut débit de fragments d’ADN libre dans le sang. Nous appliquons ce concept chez les espèces marines, comme les poissons et les bivalves, afin de caractériser, par une approche multi-omiques, le virome, le bactériome, l’archéome, l’épigénome, le génome circulant, le métabolome et le transcriptome, provenant de biopsies liquides récoltées chez des espèces d’intérêt écologique et économiques.

L’étudiant(e) sera appelé(e) à développer, comparer et utiliser les outils bioinformatiques pour l’analyse et l’interprétation de données multi-omiques provenant de larges bases de données. Si il/elle le désire, l’étudiant(e) pourra aussi se familiariser avec les méthodes d’analyses par séquiençage à haut débit, notamment via la technologie de séquençage nanopore.


Domaine de recherche :

Bioinformatique


Directeur de recherche

Yves St-Pierre, professeur


Date de début prévue

Hiver 2022 | Printemps 2022


Programme d’études

Maîtrise en sciences expérimentales de la santé


Soutien financier

Les étudiantes et étudiants recevront un soutien financier.


Critères d’admissibilité

  • Bases solides en bioinformatique (connaissances du langage Python et Linux et être familier avec les différents outils comme Ubuntu, QIIME, Galaxy, etc.).
  • Être familier.ère avec l’entreposage et la logistique de grandes banques de données (e.g. BioBanking).
  • Bonnes connaissances en biostatistiques est un atout
  • Être familier.ère avec les algorithmes en bioinformatique est un atout.
  • Avoir un esprit de synthèse et être débrouillard(e).
  • Bon dossier académique


Lieu

Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie (avec possibilité de travail à distance)
531, boul. des Prairies
Laval (Québec) H7V 1B7


Soumission d’une candidature

Les personnes intéressées peuvent soumettre leur dossier au professeur Yves St-Pierre en utilisant le formulaire en ligne. Le dossier de candidature doit comprendre les documents suivants :

  • une lettre de motivation
  • une copie du dernier relevé de notes
  • le noms de deux références


Formulaire en ligne :

Yves St-Pierre - Développement d’outils pour l’analyse de bases de données multi-omiques chez les espèces sentinelles pour mesurer l’impact des changements climatiques sur les écosystèmes marins

Titre du projet : Développement d’outils pour l’analyse de bases de données multi-omiques chez les espèces sentinelles pour mesurer l’impact des changements climatiques sur les écosystèmes marins

Curriculum vitæ *
Taille de téléchargement maximum : 5 Mo
Relevé de notes *
Taille de téléchargement maximum : 5 Mo
Lettre de motivation *
Taille de téléchargement maximum : 5 Mo
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