Métabarcodage et ADN environnemental pour caractériser les communautés de moustiques le long de gradients ruraux

Contexte et description du projet

Les méthodes de génomique environnementale offrent de nouvelles possibilités pour caractériser la biodiversité, mais leur capacité à refléter fidèlement les changements écologiques observés sur le terrain doit encore être évaluée dans de nombreux systèmes. Ce projet de maîtrise utilisera les communautés de moustiques comme modèle afin d’évaluer comment les changements de composition des communautés le long de gradients ruraux se traduisent en signatures génomiques détectables. Des habitats aquatiques contrastés seront échantillonnés dans Charlevoix et les approches moléculaires seront comparées aux méthodes conventionnelles d’échantillonnage.

Questions de recherche :

• Les signatures obtenues par métabarcodage reproduisent-elles la diversité observée par les méthodes conventionnelles ?
• Comment la composition des communautés de moustiques varie-t-elle le long de gradients environnementaux ruraux ?
• Quelles variables environnementales expliquent le mieux les changements observés ?
• L’ADN environnemental permet-il de détecter des espèces difficiles à observer avec les méthodes conventionnelles ?

Approches et méthodes :

• Échantillonnage de moustiques et caractérisation des habitats aquatiques.
• Collecte et intégration de variables environnementales.
• Extraction d’ADN environnemental et métabarcodage.
• Analyses bioinformatiques des données de séquençage.
• Analyses de biodiversité, composition des communautés et comparaison avec les inventaires conventionnels.

Cadre du programme de recherche

Ce projet s’inscrit dans un programme portant sur les dynamiques écologiques et évolutives des systèmes hôtes-vecteurs-microorganismes dans des paysages ruraux hétérogènes. Charlevoix constitue le principal laboratoire naturel du programme, avec ses gradients écologiques, climatiques et altitudinaux, l’Isle-aux-Coudres et le fleuve Saint-Laurent comme systèmes permettant d’étudier l’hétérogénéité, la connectivité et l’isolement.

Possibilité de poursuite au doctorat

Ce projet de maîtrise peut constituer une première étape vers une poursuite au doctorat. Selon les intérêts de la personne étudiante, les résultats obtenus et les possibilités de financement, le projet pourra évoluer vers un programme doctoral portant plus largement sur la génomique environnementale, l’écologie des communautés, les dynamiques écologiques des vecteurs ou l’intégration de données environnementales et génomiques dans les paysages ruraux.

Début du projet

Hiver 2027

Direction de recherche

Samir Méchaï (Superviseur principal, Centre RD, INRS)

Programme d’études

Doctorat interdisciplinaire en santé et société

Profil recherché

• Baccalauréat en biologie, écologie, microbiologie, sciences de l’environnement, biotechnologie ou domaine connexe.
• Un intérêt pour l’écologie des moustiques, le terrain, la biologie moléculaire, l’ADN environnemental, le métabarcodage, la bioinformatique, les statistiques et R/Python est recherché.
• Une expérience préalable en génomique n’est pas obligatoire si la personne souhaite développer ces compétences.

Soutien et avantages

• Un financement sous forme de bourse de 22,065$/année pour 2 ans;
• Une aide financière sous forme de bourse de mobilité pour soutenir financièrement le déménagement à Baie-Saint-Paul pouvant aller jusqu’à 3,000 $ (sous certaines conditions);
• Un espace de travail sur le campus de l’INRS au Centre RD à Baie-Saint-Paul;
• Participation à des conférences académiques locales et internationales;
• Possibilité de contrats de recherche additionnels.

L’INRS offre un soutien financier à sa communauté étudiante. Toutefois, les personnes candidates sont également encouragées à soumettre des demandes de bourses auprès d’organismes tels que le FRQ, le IRSC, etc.

De plus, la personne étudiante bénéficiera de :

• Un environnement de recherche transdisciplinaire, à taille humaine, favorisant la co-création et un accompagnement de proximité par l’équipe du Centre;
• Des collaborations avec des partenaires académiques, industriels et communautaires sur le terrain;
• Une qualité de vie enviable à Baie-Saint-Paul, à distance de marche des commerces, des services, de la plage et des pistes de randonnée;

Lieu

Institut national de la recherche scientifique
Centre Ruralités Durables
63, rue Ambroise-Fafard Baie-Saint-Paul (Québec) G3Z 2K1 Canada

Le Centre Ruralités durables de l’INRS est un centre de recherche transdisciplinaire dédié à l’avenir des milieux ruraux. Nouvellement implanté à Baie-Saint-Paul, au cœur de Charlevoix, il fait de ce territoire un véritable laboratoire vivant : un lieu où la recherche s’ancre directement dans les réalités des collectivités rurales et où les priorités scientifiques sont définies avec et pour ces communautés. Le Centre mise sur la collégialité, la co-création et un accompagnement de proximité pour soutenir sa communauté étudiante et scientifique. Les personnes qui s’y joignent profitent d’infrastructures de recherche à la fine pointe de la technologie, tout en évoluant dans un environnement accessible qui valorise la diversité des perspectives.

S’investir au Centre Ruralités durables, c’est aussi choisir un cadre de vie exceptionnel : les espaces de recherche et d’enseignement sont à distance de marche d’une vie de quartier animée, entourée de paysages grandioses et d’une communauté accueillante. En rejoignant le Centre, la personne doctorante contribue à des recherches porteuses de retombées concrètes pour des milieux ruraux durables, humains et tournés vers l’avenir.

Questions

N’hésitez pas à communiquer avec Samir Méchaï (samir.mechai@inrs.ca) pour toute question d’ici à la date limite.