Plateforme automatisée de collecte et de surveillance génomique intégrée des moustiques et des agents pathogènes en milieux ruraux

Contexte et description du projet

Les changements climatiques et environnementaux modifient progressivement la distribution des moustiques et peuvent favoriser l’arrivée ou l’établissement de nouvelles espèces ainsi que la circulation d’agents pathogènes associés. Le renforcement des capacités de surveillance représente donc un enjeu important, particulièrement dans les territoires ruraux où les sites d’échantillonnage sont dispersés et où les approches conventionnelles nécessitent des déplacements fréquents, le transport des spécimens vers le laboratoire, leur tri et plusieurs analyses réalisées séparément.

Ce projet vise à développer et à valider une plateforme automatisée de collecte et de biosurveillance moléculaire des moustiques adaptés aux territoires ruraux. Le système intégrera des technologies de piégeage au CO₂ et de comptage automatisé à une stratégie originale de fractionnement, de conservation et de regroupement des spécimens conçue dès la capture en fonction des analyses moléculaires réalisées en aval.

Une approche complémentaire évaluera également l’utilisation de cartes FTA ou de supports similaires permettant de recueillir et de préserver du matériel biologique déposé par les moustiques. L’objectif sera de déterminer dans quelle mesure cette information peut compléter celle obtenue directement à partir des pools de spécimens.

Questions de recherche :

• Un système automatisé de collecte et de fractionnement permet-il de conserver des échantillons de moustiques compatibles avec les analyses moléculaires?
• Comment la taille des pools et les conditions de conservation influencent-elles la détection des espèces de moustiques par métabarcodage?
• Peut-on obtenir, à partir des mêmes captures, une information complémentaire sur les microorganismes associés aux moustiques?
• Les résultats obtenus avec le prototype sont-ils comparables à ceux obtenus avec une méthode conventionnelle de collecte?

Objectifs :

• Développer et tester une preuve de concept d’un système automatisé de collecte et de fractionnement des moustiques.
• Déterminer une stratégie simple de pooling et de conservation compatible avec le métabarcodage et les analyses moléculaires complémentaires.
• Valider la qualité de l’information obtenue en comparant le prototype à une méthode conventionnelle de surveillance.

Approches et méthodes :

• Développement et essais du prototype : adapter un système de piégeage existant afin d’intégrer le comptage et le fractionnement des moustiques dans plusieurs compartiments de collecte.
• Optimisation des échantillons : tester un nombre limité de conditions de pooling et de conservation afin d’identifier celles qui préservent le mieux l’ADN et l’ARN nécessaires aux analyses moléculaires.
• Validation moléculaire : utiliser le métabarcodage pour caractériser les espèces présentes dans les pools et explorer, sur un sous-ensemble d’échantillons, la possibilité de détecter des microorganismes associés.
• Validation en conditions réelles : comparer le prototype à une méthode conventionnelle lors d’un nombre limité d’essais pilotes dans Charlevoix.

Cadre du programme de recherche

Ce projet s’intègre dans un programme scientifique plus large consacré à la compréhension des dynamiques écologiques et évolutives des systèmes hôtes–vecteurs–microorganismes dans les territoires ruraux.

Il contribuera plus particulièrement au développement de nouvelles capacités permettant de mesurer simultanément les changements dans les communautés de vecteurs et les microorganismes qui leur sont associés.

L’objectif à long terme est de développer des approches de surveillance capables de produire une information biologique plus fréquente, plus spatialement distribuée et mieux adaptée aux réalités des territoires ruraux, afin de soutenir la compréhension et éventuellement la détection précoce des changements pouvant influencer les risques sanitaires.

Possibilité de poursuite au doctorat

La maîtrise portera sur le développement et la validation d’une preuve de concept. Une poursuite au doctorat pourra ensuite viser l’optimisation de la plateforme, son déploiement sur plusieurs sites et l’intégration à plus grande échelle des données entomologiques, environnementales et métagénomiques.

Début du projet

Hiver 2027

Direction de recherche

Samir Méchaï (Superviseur principal, Centre RD, INRS)

Programme d’études

Doctorat interdisciplinaire en santé et société

Profil recherché

• Baccalauréat en biologie, écologie, microbiologie, sciences de l’environnement, biotechnologie ou domaine connexe.
• Un intérêt pour l’écologie des moustiques, le terrain, la biologie moléculaire, l’ADN environnemental, le métabarcodage, la bioinformatique, les statistiques et R/Python est recherché.
• Une expérience préalable en génomique n’est pas obligatoire si la personne souhaite développer ces compétences.

Soutien et avantages

• Un financement sous forme de bourse de 22,065$/année pour 2 ans;
• Une aide financière sous forme de bourse de mobilité pour soutenir financièrement le déménagement à Baie-Saint-Paul pouvant aller jusqu’à 3,000 $ (sous certaines conditions);
• Un espace de travail sur le campus de l’INRS au Centre RD à Baie-Saint-Paul;
• Participation à des conférences académiques locales et internationales;
• Possibilité de contrats de recherche additionnels.

L’INRS offre un soutien financier à sa communauté étudiante. Toutefois, les personnes candidates sont également encouragées à soumettre des demandes de bourses auprès d’organismes tels que le FRQ, le IRSC, etc.

De plus, la personne étudiante bénéficiera de :

• Un environnement de recherche transdisciplinaire, à taille humaine, favorisant la co-création et un accompagnement de proximité par l’équipe du Centre;
• Des collaborations avec des partenaires académiques, industriels et communautaires sur le terrain;
• Une qualité de vie enviable à Baie-Saint-Paul, à distance de marche des commerces, des services, de la plage et des pistes de randonnée;

Lieu

Institut national de la recherche scientifique
Centre Ruralités Durables
63, rue Ambroise-Fafard Baie-Saint-Paul (Québec) G3Z 2K1 Canada

Le Centre Ruralités durables de l’INRS est un centre de recherche transdisciplinaire dédié à l’avenir des milieux ruraux. Nouvellement implanté à Baie-Saint-Paul, au cœur de Charlevoix, il fait de ce territoire un véritable laboratoire vivant : un lieu où la recherche s’ancre directement dans les réalités des collectivités rurales et où les priorités scientifiques sont définies avec et pour ces communautés. Le Centre mise sur la collégialité, la co-création et un accompagnement de proximité pour soutenir sa communauté étudiante et scientifique. Les personnes qui s’y joignent profitent d’infrastructures de recherche à la fine pointe de la technologie, tout en évoluant dans un environnement accessible qui valorise la diversité des perspectives.

S’investir au Centre Ruralités durables, c’est aussi choisir un cadre de vie exceptionnel : les espaces de recherche et d’enseignement sont à distance de marche d’une vie de quartier animée, entourée de paysages grandioses et d’une communauté accueillante. En rejoignant le Centre, la personne doctorante contribue à des recherches porteuses de retombées concrètes pour des milieux ruraux durables, humains et tournés vers l’avenir.

Questions

N’hésitez pas à communiquer avec Samir Méchaï (samir.mechai@inrs.ca) pour toute question d’ici à la date limite.