Contexte et description du projet
Ce projet doctoral utilisera Borrelia burgdorferi, agent responsable de la maladie de Lyme, comme système modèle pour déterminer comment l’hétérogénéité environnementale, la connectivité des paysages et les barrières géographiques façonnent la structure génétique, la diversité génomique, la dispersion et l’adaptation des populations microbiennes. Le projet intégrera des ressources génomiques existantes et de nouveaux échantillons régionaux afin de relier variation génomique, environnement et structure du paysage.
Questions de recherche :
- Les barrières géographiques et écologiques laissent-elles une signature dans la structure génomique de B. burgdorferi ?
- Peut-on reconstruire les voies de dispersion et d’expansion géographique des populations ?
- La connectivité écologique du paysage prédit-elle la connectivité génétique ?
- Certains environnements sont-ils associés à des signatures génomiques compatibles avec l’adaptation locale ?
- Les mécanismes identifiés sont-ils généralisables à d’autres microorganismes associés aux vecteurs ?
Approches et méthodes :
- Génomique comparative et génomique des populations.
- Phylogénomique, phylogéographie et analyses de structure de populations.
- Analyses de connectivité, dispersion et variation adaptative.
- Bioinformatique sous Linux et programmation en R et/ou Python.
- Intégration de données génomiques, environnementales et géospatiales dans une approche de génomique du paysage.
Cadre du programme de recherche
Ce projet s’inscrit dans un programme portant sur les dynamiques écologiques et évolutives des systèmes hôtes-vecteurs-microorganismes dans des paysages ruraux hétérogènes. Charlevoix constitue le principal laboratoire naturel du programme, avec ses gradients écologiques, climatiques et altitudinaux, l’Isle-aux-Coudres et le fleuve Saint-Laurent comme systèmes permettant d’étudier l’hétérogénéité, la connectivité et l’isolement.
Début du projet
Hiver 2027
Direction de recherche
Samir Méchaï (Superviseur principal, Centre RD, INRS)
Programme d’études
Doctorat interdisciplinaire en santé et société
Profil recherché
- Maîtrise en génomique, bioinformatique, microbiologie, biologie évolutive, écologie, biologie computationnelle ou discipline connexe. Des compétences en bioinformatique, Linux, R/Python, génomique des populations, phylogénétique, analyse de séquences, statistiques ou SIG constituent des atouts.
- Le projet convient particulièrement à une personne intéressée par l’interface entre évolution, génomique et écologie spatiale.
Soutien et avantages
- Un financement sous forme de bourse de 26,280$/année pour 4 ans;
- Une aide financière sous forme de bourse de mobilité pour soutenir financièrement le déménagement à Baie-Saint-Paul pouvant aller jusqu’à 5,500 $ (sous certaines conditions);
- Un espace de travail sur le campus de l’INRS au Centre RD à Baie-Saint-Paul;
- Participation à des conférences académiques locales et internationales;
- Possibilité de contrats de recherche additionnels.
L’INRS offre un soutien financier à sa communauté étudiante. Toutefois, les personnes candidates sont également encouragées à soumettre des demandes de bourses auprès d’organismes tels que le FRQ, le IRSC, etc.
De plus, la personne doctorante bénéficiera de :
- Un environnement de recherche transdisciplinaire, à taille humaine, favorisant la co-création et un accompagnement de proximité par l’équipe du Centre;
- Des collaborations avec des partenaires académiques, industriels et communautaires sur le terrain;
- Une qualité de vie enviable à Baie-Saint-Paul, à distance de marche des commerces, des services, de la plage et des pistes de randonnée;
Lieu
Institut national de la recherche scientifique
Centre Ruralités Durables
63, rue Ambroise-Fafard Baie-Saint-Paul (Québec) G3Z 2K1 Canada
Le Centre Ruralités durables de l’INRS est un centre de recherche transdisciplinaire dédié à l’avenir des milieux ruraux. Nouvellement implanté à Baie-Saint-Paul, au cœur de Charlevoix, il fait de ce territoire un véritable laboratoire vivant : un lieu où la recherche s’ancre directement dans les réalités des collectivités rurales et où les priorités scientifiques sont définies avec et pour ces communautés. Le Centre mise sur la collégialité, la co-création et un accompagnement de proximité pour soutenir sa communauté étudiante et scientifique. Les personnes qui s’y joignent profitent d’infrastructures de recherche à la fine pointe de la technologie, tout en évoluant dans un environnement accessible qui valorise la diversité des perspectives.
S’investir au Centre Ruralités durables, c’est aussi choisir un cadre de vie exceptionnel : les espaces de recherche et d’enseignement sont à distance de marche d’une vie de quartier animée, entourée de paysages grandioses et d’une communauté accueillante. En rejoignant le Centre, la personne doctorante contribue à des recherches porteuses de retombées concrètes pour des milieux ruraux durables, humains et tournés vers l’avenir.
Soumission d’une candidature
Les personnes intéressées peuvent soumettre leur candidature au professeur Samir Méchaï par courriel à samir.mechai@inrs.ca, en incluant les documents suivants : (1) votre curriculum vitae; (2) une lettre de motivation (maximum 2 pages); (3) les relevés de notes universitaires; (4) une ébauche de projet doctoral en lien avec la description de l’offre (maximum 2 pages); et (5) les coordonnées de trois personnes pouvant fournir des références.
Date limite : Les candidatures seront évaluées en continu jusqu’à ce que le poste soit pourvu. Les personnes intéressées sont encouragées à soumettre leur dossier dès que possible.
Questions
N’hésitez pas à communiquer avec Samir Méchaï (samir.mechai@inrs.ca) pour toute question d’ici à la date limite.