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Institut national de la recherche scientifique
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Jérôme Comte

Expertises

Diversité et fonction microbienne , Arctique , Cytométrie en flux , Génomique environnementale , Limnologie

  • Professeur agrégé

Téléphone
418 654-2591

Courriel
jerome.comte@inrs.ca

Centre Eau Terre Environnement

490, rue de la Couronne
Québec (Québec)  G1K 9A9
CANADA

Voir le centre

Intérêts de recherche

Le programme de recherche du professeur Comte a pour principal objectif d’identifier les mécanismes de réponse des communautés microbiennes face aux perturbations environnementales et d’en évaluer les implications pour la structure, le fonctionnement et les services des écosystèmes aquatiques.

  • Écologie microbienne
  • Diversité et fonction des microbes
  • Fonctionnement des écosystèmes
  • Biogéographie des microbes
  • Physiologie des organismes unicellulaires
  • Changements climatiques
  • Écosystèmes aquatiques nordiques

 

Futurs étudiants

J’invite les étudiant(e)s intéressé(e)s par mes recherches et désireux de poursuivre des études de 2e et 3e cycles à me contacter. Vous pouvez aussi consulter le répertoire des offres de projets de maîtrise et de doctorat à l’INRS.

Son équipe

Aurélie Beaulieu-Laliberté

Agente de recherche

Thomas Deschênes

Agent de recherche

Maude Pomerleau

Agente de recherche

Emily Hallett

Doctorat

Christophe Langevin

Doctorat

Martial Leroy

Doctorat

Laura Malbezin

Doctorat – codirection (dir. I. Lavoie)

Charis Wong

Doctorat

Raphaëlle B. Germain

Maîtrise

Étienne Grenier

Maîtrise

Naíla Barbosa da Costa

Stage postdoctoral

Valentine Cyriaque

Stage postdoctoral

Alizée Le Moigne

Stage postdoctoral

Xiangbo Yin

Stage postdoctoral

Formation universitaire

  • Ph. D. Biologie, Université du Québec à Montréal (UQAM)
  • M. Sc. Écologie alpine, Université de Grenoble I et Université de Savoie (France)
  • B. Sc.  Biologie cellulaire et physiologie, Université de Bourgogne (France)

 

Biographie

Avant son arrivée à l’INRS, Jérôme Comte travaillait comme chercheur scientifique au Centre canadien des eaux intérieures d’Environnement et Changement Climatique Canada en Ontario. Il avait auparavant effectué deux stages postdoctoraux. Le premier au Department of Ecology and Genetics – Limnology de l’Université Uppsala en Suède. Le second à l’Unité mixte internationale Takuvik, un partenariat entre l’Université Laval de Québec et le CNRS français.

Projets de recherche récents

 

Accès à l’eau potable dans un arctique en mutation

L’objectif de ce projet est de caractériser la qualité chimique et biologique de l’eau au sein de plusieurs communautés nordiques (Nunavik, Nunavut, Territoires Nord-Ouest) de la source au robinet.

 

Les aquifères, une infrastructure naturelle pour le refroidissement écoénergétique

L’objectif de ce projet est d’évaluer le potentiel des aquifères comme source naturelle de refroidissiment des bâtiments urbain. En particulier, le projet évaluera les implications pour la qualité chimique et biologique du transfer de chaleur vers les aquifères.

 

Méthylation du mercure et déméthylation du Monomethylmercure dans les lacs de dégel du permafrost

L’objectif de ce projet est d’estimer les taux de ces deux processus clés dans le cycle du mercure dans les mares de fonte du pergélisol, grand stock de mercure, important contaminant dans l’environnement. En particulier, le projet vise à identifier les microbes impliqués dans ces processus.

 

Nunataryuk, WP4-Coastal waters

Cet axe de ce programme de recherche vise à évaluer les implications de la dégradation du pergélisol et de l’export de carbone terrestre pour la structure et fonctionnement de l’Océan Arctique. En particulier, ce projet vise à caractériser la diversité des communautés microbiennes le long du delta du fleuve Mackenzie (NT).

 

Les lacs arctiques sous l’influence du climat : saisonnalité, fonctionnement biogéochimique et émissions de gaz à effet de serre

L’objectif principal est d’étudier comment les lacs arctiques sont affectés par le dégel du pergélisol en termes de structure physique, de chimie et d’écologie microbienne. Le projet est réalisé dans une vallée glacière sur l’île Bylot (Nunavut).

 

Utilisation du séquençage et de la microscopie pour le suivi de la diversité phytoplanctonique des lacs du Québec méridional

Ce projet vise à caractériser la variation temporelle et spatiale de la diversité du phytoplancton, incluant les cyanobactéries dans des lacs du Québec méridional et d’identifier les variables environnementales qui médient cette biodiversité. À cette fin le projet s’appuiera de l’échantillonnage effectué dans le cadre des différents projets de suivi du Ministère de l’environnement et de la lutte contre les changements climatiques du Québec.

Affiliations

 

Activités scientifiques

  • Membre du comité de rédaction du journal scientifique Aquatic Sciences
  • Évaluateurs pour de nombreux journaux scientifiques
  • Membre du comité d’évaluation de programme de subvention de recherche

Diplômé(e)s INRS

Beaulieu-Laliberté, Aurélie (M. Sc. 2024)

Reis, Paula (Stage postdoctoral 2023)

Herrera Molina, Camilo Andrés (M. Sc. 2023, codirection) : Impact du brunissement sur la présence de sous-produits désinfectants dans l’eau potable des communautés du Nord.

Moisan, Marie-Ange (M. Sc. 2022) : Impact du brunissement sur la qualité microbiologique de l’eau potable en milieu nordique.

Projets étudiants INRS

Charis Wong(PhD) : Évaluer les risques biogéochimiques liés à l’utilisation des aquifères comme source de refroidissement.

Laura Malbezin (PhD, codirection) : Effet des herbicides sur la composition taxonomique, les groupes fonctionnels et la qualité nutritionnelle des biofilms d’algues à la base de la chaîne alimentaire.

Nicholas Kiulia (PhD, codirection) : Biomonitoring de l’eutrophisation en milieu agricole : les profils d’acides gras des biofilms comme biomarqueurs de stress.

Projets étudiants hors INRS

Anne Ola (PDF, ULaval-UdeM) : La taille et la dynamique des stocks de carbone dans les sols pergélisolés de l’est de l’Arctique canadien.

Samuel Gagnon (MSc, UQTR) : Impacts anthropiques sur la production à la base du réseau alimentaire aquatique dans la plaine d’inondation du fleuve Saint-Laurent.

Enseignement

  • Limnologie : eaux lacustres et eaux courantes (ETE402)
  • Génomique appliquée à l’environnement (ETE426)

Publications

Ola, Anne, Gagnon, Samuel, Fortier, Daniel, Comte, Jérôme et Dominé, Florent (2024). Carbon dynamics in an alluvial fan in the eastern Canadian Arctic. Geoderma Regional, 38 (septembre) : art. e00841.
DOI : 10.1016/j.geodrs.2024.e00841

Crevecoeur, Sophie, Edge, Thomas A., Watson, Linet Cynthia, Watson, Susan B., Greer, Charles W., Ciborowski, Jan J. H., Diep, Ngan, Drouillard, Kenneth G., Frenken, Thijs, McKay, Robert Michael, Zastepa, Arthur et Comte, Jérôme (2023). Spatio-temporal connectivity of the aquatic microbiome associated with cyanobacterial blooms along a Great Lake riverine-lacustrine continuum. Frontiers in Microbiology, 14 (Février) : Art. 1073753.
DOI : 10.3389/fmicb.2023.1073753

Potvin, Marianne, Gauthier, Jeff, Langevin, Christophe, Mohit, Vani, Da Costa, Naíla B., Deschênes, Thomas, Pomerleau, Maude, Kukavica-Ibrulj, Irena, Verreault, Daniel, Comte, Jérôme et Lévesque, Roger C. (2023). Rapid on-site detection of harmful algal blooms (RosHAB): real-time cyanobacteria identification using Oxford Nanopore sequencing. Frontiers in Microbiology, 14 : Art. 1267652.
DOI : 10.3389/fmicb.2023.1267652

Reis, Paul C. J., Correa-Garcia, Sara, Tremblay, Julien, Beaulieu-Laliberté, Aurélie, Muench, Douglas G., Ahad, Jason M. E., Yergeau, Étienne, Comte, Jérôme et Martineau, Christine (2023). Microbial degradation of naphthenic acids using constructed wetland treatment systems: metabolic and genomic insights for improved bioremediation of process-affected water. FEMS Microbiology Ecology, 99 (12) : Art. fiad153.
DOI : 10.1093/femsec/fiad153

Saros, Jasmine E., Arp, Christopher D., Bouchard, Frédéric, Comte, Jérôme, Couture, Raoul-Marie, Dean Joshua F., Lafrenière, Melissa, MacIntyre, Sally, McGowan, Suzanne, Rautio, Milla, Prater, Clay, Tank, Suzanne E., Walvoord, Michelle A., Wickland, Kimberly P., Antoniades, Dermot, Ayala-Borda, Paola, Canário, João, Drake, Travis W., Folhas, Diogo, Hazuková, Václava, Kivilä, Henriikka, Klanten, Yohanna, Lamoureux, Scott, Laurion, Isabelle, Pilla, Rachel M., Vonk, Jorien E., Zolkos, Scott et Vincent, Warwick F. (2023). Sentinel responses of Arctic freshwater systems to climate: linkages, evidence, and a roadmap for future research. Arctic Science / Science arctique, 9 (2) : 356-392.
DOI : 10.1139/AS-2022-0021

Saulnier-Talbot, Émilie, Duchesne, Eliane, Antoniades, Dermot, Arseneault, Dominique, Barnard, Christine, Berteaux, Dominique, Bhiry, Najat, Boudreau, Stéphane, Cazelles, Kevin, Comte, Jérôme, Corbeil-Robitaille, Madeline-Zoé, Côté, Steeve, Couture, Raoul-Marie, de la Fontaine, Guillaume, Dominé, Florent, Fauteux, Dominique, Fortier, Daniel, Garneau, Michelle, Gauthier, Gilles, Gravel, Dominique, Laurion, Isabelle, Lavoie, Martin, Lecomte, Nicolas, Legagneux, Pierre, Lévesque, Esther, Naud, Marie-José, Paquette, Michel, Payette, Serge, Pienitz, Reinhard, Rautio, Milla, Roy, Alexandre, Royer, Alain, Simard, Martin, Vincent, Warwick F. et Bety, Joël (2023). State shifts and divergent sensitivities to climate warming across northern ecosystems. Nature Portfolio, EN LIGNE.
DOI : 10.21203/rs.3.rs-3026284/v1

Stalwick, Jordyn A., Ratelle, Mylène, Gurney, Kirsty E. B., Drysdale, Mallory, Lazarescu, Calin, Comte, Jérôme, Laird, Brian et Skinner, Kelly (2023). Sources of exposure to lead in Arctic and subarctic regions: a scoping review. International Journal of Circumpolar Health, 82 (1) : Art. 2208810.
DOI : 10.1080/22423982.2023.2208810

Zastepa, Arthur, Comte, Jérôme et Crevecoeur, Sophie (2023). Prevalence and ecological features of deep chlorophyll layers in Lake of the Woods, a complex hydrological system with strong trophic, physical, and chemical gradients. Journal of Great Lakes Research, 49 (1) : 122-133.
DOI : 10.1016/j.jglr.2022.09.007

Fonseca Coelho, Lígia, Couceiro, Joana Fernandes, Keller-Costa, Tina, Martinez Valente, Sara, Pereirinha Ramalho, Tiago, Carneiro, Joana, Comte, Jérôme, Blais, Marie-Amélie, Vincent, Warwick F., Martins, Zina, Canário, João et Costa, Rodrigo (2022). Structural shifts in sea ice prokaryotic communities across a salinity gradient in the subarctic. Science of The Total Environment, 827 (Juin) : Art. 154286.
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2022.154286

Jungblut, Anne, Velazquez, David, Cirés, Samuel, Kleinteich, Julia, Padinchati, Krishnan Kottekkatu, Sattler, Birgit et Comte, Jérôme (2022). Editorial: Digitizing frozen earth-revealing microbial diversity and physiology in the cryobiosphere through « omics » tools, volume II. Frontiers in Microbiology, 13 : Art. 1013398.
DOI : 10.3389/fmicb.2022.1013398

Lizotte, Martine, Juhls, Bennet, Matsuoka, Atsushi, Massicotte, Philippe, Mével, Gaëlle, Anikina, David Obie James, Antonova, Sofia, Bécu, Guislain, Béguin, Marine, Bélanger, Simon, Bossé-Demers, Thomas, Bröder, Lisa, Bruyant, Flavienne, Chaillou, Gwenaëlle, Comte, Jérôme, Couture, Raoul-Marie, Devred, Emmanuel, Deslongchamps, Gabrièle, Dezutter, Thibaud, Dillon, Miles, Doxaran, David, Flamand, Aude, Fell, Frank, Ferland, Joannie, Forget, Marie-Hélène, Fritz, Michael, Gordon, Thomas J., Guilmette, Caroline, Hilborn, Andrea, Hussherr, Rachel, Irish, Charlotte, Joux, Fabien, Kipp, Lauren, Laberge-Carigan, Audrey, Lantuit, Hugues, Leymarie, Edouard, Mannino, Antonio, Maury, Juliette, Overduin, Paul, Oziel, Laurent, Stedmon, Colin, Thomas, Crystal, Tisserand, Lucas, Tremblay, Jean-Éric, Vonk, Jorien, Whalen, Dustin et Babin, Marcel (2022). Nunataryuk field campaigns: Understanding the origin and fate of terrestrial organic matter in the coastal waters of the Mackenzie Delta region. Earth System Science Data Discussion, EN LIGNE.
DOI : 10.5194/essd-2022-163

Ola, Anne, Fortier, Daniel, Coulombe, Stéphanie, Comte, Jérôme et Domine, Florent (2022). The distribution of soil carbon and nitrogen stocks among dominant geomorphological terrain units in Qarlikturvik Valley, Bylot Island, Arctic Canada. Journal of Geophysical Research: Biogeosciences, 127 (7) : Art. e2021JG006750.
DOI : 10.1029/2021JG006750

Bruhn, Anders Dalhoff, Stedmon, Colin A., Comte, Jérôme, Matsuoka, Atsushi, Speetjens, Neik Jesse, Tanski, George, Vonk, Jorien E. et Sjöstedt, Johanna (2021). Terrestrial dissolved organic matter mobilized from eroding permafrost controls microbial community composition and growth in Arctic Coastal zones. Front. Earth Sci., 9 : Art. 640580.
DOI : 10.3389/feart.2021.640580

Gutierrez-Villagomez, Juan Manuel, Patey, Géraldine, To, Tuan Anh, Lefebvre-Raine, Molly, Lara-Jacobo, Linda Ramona, Comte, Jérôme, Klein, Bert et Langlois, Valérie S. (2021). Frogs respond to commercial formulations of the biopesticide Bacillus thuringiensis var. israelensis, especially their intestine microbiota. Environ. Sci. Technol., 55 (18) : 12504-12516.
DOI : 10.1021/acs.est.1c02322

Edge, Thomas A.; Baird, Donald J.; Bilodeau, Guillaume; Gagné, Nellie; Greer, Charles; Konkin, David; Newton, Glen; Séguin, Armand; Beaudette, Lee; Bilkhu, Satpal; Bush, Alexander; Chen, Wen; Comte, Jérôme; Condie, Janet; Crevecoeur, Sophie; El-Kayssi, Nazir; Emilson, Erik J. S.; Fancy, Donna-Lee; Kandalaft, Iyad; Khan, Izhar U. H.; King, Ian; Kreutzweiser, David; Lapen, David; Lawrence, John; Lowe, Christine; Lung, Olivier; Martineau, Christine; Meier, Matthew; Ogden, Nicholas; Paré, David; Phillips, Lori; Porter, Teresita M.; Sachs, Joel; Staley, Zachery; Steeves, Royce; Venier, Lisa; Veres, Teodor; Watson, Cynthia et Macklin, James (2020). The Ecobiomics project: Advancing metagenomics assessment of soil health and freshwater quality in Canada. Sci. Total Environ., 710 (Mars) : Art. 135906.
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2019.135906

Comte, Jérôme; Culley, Alexander; Lovejoy, Connie et Vincent, Warwick F. (2018). Microbial connectivity and sorting in a High Arctic watershed. ISME J., 12 : 2988-3000.
DOI : 10.1038/s41396-018-0236-4

Lévesque, Alice V.; Vincent, Warwick F.; Comte, Jérôme; Lovejoy, Connie et Culley, Alexander I. (2018). Chlorovirus and myovirus diversity in permafrost thaw ponds. Aquat. Microb. Ecol., 82 (2) : 209-224.
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Langenheder S, Comte J, Zha Y, Samad MS, Sinclair L, Eiler A et Lindstrom ES (2016) Remnants of marine bacterial communities can be retrieved from deep sediments in lakes of marine origin. Environ. Microbiol. Rep. 8 (4) : 479-485.
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Przytulska, Anna; Comte, Jérôme; Crevecoeur, Sophie; Lovejoy, Connie; Laurion, Isabelle et Vincent, Warwick F. (2016). Phototrophic pigment diversity and picophytoplankton in permafrost thaw lakes. Biogeosciences, 13 (1) : 13-26.
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Zha Y, Berga M, Comte J et Langenheder S (2016) Effects of dispersal and initial diversity on the composition and functional performance of bacterial communities. PLoS One 11 (5).
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Crevecoeur S, Vincent WF, Comte J et Lovejoy C (2015) Bacterial community structure across environmental gradients in permafrost thaw ponds: Methanotroph-rich ecosystems. Front. Microbiol. 6 (mars).
DOI : 10.3389/fmicb.2015.00192

Logue JB, Findlay SEG et Comte J (2015) Editorial: Microbial responses to environmental changes. Front. Microbiol. 6 (déc).
DOI : 10.3389/fmicb.2015.01364

Monier A, Comte J, Babin M, Forest A, Matsuoka A et Lovejoy C (2015) Oceanographic structure drives the assembly processes of microbial eukaryotic communities. ISME J. 9 : 990-1002.
DOI : 10.1038/ismej.2014.197