Projets d'études et stages offerts

Expertises

Diversité et fonction microbienne , Arctique , Cytométrie en flux , Génomique environnementale , Limnologie

  • Professeur à l’INRS

Téléphone
418 654-2591

Courriel
jerome.comte@ete.inrs.ca

Centre Eau Terre Environnement

490, rue de la Couronne
Québec (Québec)  G1K 9A9
CANADA

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Intérêts de recherche

Le programme de recherche du professeur Jérôme Comte a pour principal objectif d’identifier les mécanismes de réponse des communautés microbiennes face à des perturbations environnementales et d’en évaluer les implications pour la structure, le fonctionnement et les services des écosystèmes aquatiques.

  • Écologie microbienne
  • Diversité et fonction des microbes
  • Fonctionnement des écosystèmes
  • Biogéographie des microbes
  • Physiologie des organismes unicellulaires
  • Changements climatiques
  • Écosystèmes aquatiques nordiques

Son équipe

Marie-Ange Moisan

Maîtrise en sciences de l’eau

Charis Wong

Doctorat en sciences de l’eau

Karel Cadoret

Stage

Formation universitaire

  • B. Sc.  Biologie cellulaire et physiologie, Université de Bourgogne (France)
  • M. Sc. Écologie alpine, Université de Grenoble I et Université de Savoie (France)
  • Ph. D. Biologie, Université du Québec à Montréal (UQAM)

 

Biographie

Avant son arrivée à l’INRS, Jérôme Comte travaillait comme chercheur scientifique au Centre canadien des eaux intérieures d’Environnement et Changement Climatique Canada en Ontario. Il avait auparavant effectué deux stages postdoctoraux. Le premier au Department of Ecology and Genetics – Limnology de l’Université Uppsala en Suède. Le second à l’Unité mixte internationale Takuvik, un partenariat entre l’Université Laval de Québec et le CNRS français.

Projet de recherche en cours

Accès à l’eau potable dans un arctique en mutation

L’objectif de ce projet est de caractériser la qualité chimique et biologique de l’eau au sein de plusieurs communautés nordiques (Nunavik, Nunavut, Territoires Nord-Ouest) de la source au robinet.

 

Les aquifères, une infrastructure naturelle pour le refroidissement écoénergétique

L’objectif de ce projet est d’évaluer le potentiel des aquifères comme source naturelle de refroidissiment des bâtiments urbain. En particulier, le projet évaluera les implications pour la qualité chimique et biologique du transfer de chaleur vers les aquifères.

 

Méthylation du mercure et déméthylation du Monomethylmercure dans les lacs de dégel du permafrost

L’objectif de ce projet est d’estimer les taux de ces deux processus clés dans le cycle du mercure dans les mares de fonte du pergélisol, grand stock de mercure, important contaminant dans l’environnement. En particulier, le projet vise à identifier les microbes impliqués dans ces processus.

 

Nunataryuk, WP4-Coastal waters

Cet axe de ce programme de recherche vise à évaluer les implications de la dégradation du pergélisol et de l’export de carbone terrestre pour la structure et fonctionnement de l’Océan Arctique. En particulier, ce projet vise à caractériser la diversité des communautés microbiennes le long du delta du fleuve Mackenzie (NT).

 

Les lacs arctiques sous l’influence du climat : saisonnalité, fonctionnement biogéochimique et émissions de gaz à effet de serre

L’objectif principal est d’étudier comment les lacs arctiques sont affectés par le dégel du pergélisol en termes de structure physique, de chimie et d’écologie microbienne. Le projet est réalisé dans une vallée glacière sur l’île Bylot (Nunavut).

 

Utilisation du séquençage et de la microscopie pour le suivi de la diversité phytoplanctonique des lacs du Québec méridional

Ce projet vise à caractériser la variation temporelle et spatiale de la diversité du phytoplancton, incluant les cyanobactéries dans des lacs du Québec méridional et d’identifier les variables environnementales qui médient cette biodiversité. À cette fin le projet s’appuiera de l’échantillonnage effectué dans le cadre des différents projets de suivi du Ministère de l’environnement et de la lutte contre les changements climatiques du Québec.

Réseaux

 

Projets des étudiants à l’INRS :

Direction

Marie-Ange Moisan (M. Sc) : Impact du brunissement sur la qualité microbiologique de l’eau potable en milieu nordique.

Camilo Herrera (M. Sc) : Impact du brunissement sur la présence de sous-produits désinfectants dans l’eau potable des communautés du Nord.

Charis Wong (Ph. D) : Évaluer les risques biogéochimiques liés à l’utilisation des aquifères comme source de refroidissement.

 

 

Codirection

Laura Malbezin (Ph. D) : Effet des herbicides sur la composition taxonomique, les groupes fonctionnels et la qualité nutritionnelle des biofilms d’algues à la base de la chaîne alimentaire.

Nicholas Kiulia (Ph. D) : Biomonitoring de l’eutrophisation en milieu agricole : les profils d’acides gras des biofilms comme biomarqueurs de stress.

 

Projets des autres étudiants en codirection :

Anne Ola (PDF, ULaval-UdeM) : La taille et la dynamique des stocks de carbone dans les sols pergélisolés de l’est de l’Arctique canadien.

Samuel Gagnon (M. Sc, UQTR) : Impacts anthropiques sur la production à la base du réseau alimentaire aquatique dans la plaine d’inondation du fleuve Saint-Laurent.

Activités scientifiques

  • Membre du comité de rédaction du journal scientifique Aquatic Sciences
  • Évaluateurs pour de nombreux journaux scientifiques
  • Membre du comité d’évaluation de programme de subvention de recherche

Activités d’enseignement

  • ETE 402: Limnologie
  • ETE 426: Génomique appliquée à l’environnement

Publications

Edge, Thomas A.; Baird, Donald J.; Bilodeau, Guillaume; Gagné, Nellie; Greer, Charles; Konkin, David; Newton, Glen; Séguin, Armand; Beaudette, Lee; Bilkhu, Satpal; Bush, Alexander; Chen, Wen; Comte, Jérôme; Condie, Janet; Crevecoeur, Sophie; El-Kayssi, Nazir; Emilson, Erik J. S.; Fancy, Donna-Lee; Kandalaft, Iyad; Khan, Izhar U. H.; King, Ian; Kreutzweiser, David; Lapen, David; Lawrence, John; Lowe, Christine; Lung, Olivier; Martineau, Christine; Meier, Matthew; Ogden, Nicholas; Paré, David; Phillips, Lori; Porter, Teresita M.; Sachs, Joel; Staley, Zachery; Steeves, Royce; Venier, Lisa; Veres, Teodor; Watson, Cynthia et Macklin, James (2020). The Ecobiomics project: Advancing metagenomics assessment of soil health and freshwater quality in CanadaSci. Total Environ., 710 (Mars) : Art. 135906.
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2019.135906

Comte, Jérôme; Culley, Alexander; Lovejoy, Connie et Vincent, Warwick F. (2018). Microbial connectivity and sorting in a High Arctic watershedISME J., 12 : 2988-3000.

DOI : 10.1038/s41396-018-0236-4

Lévesque, Alice V.; Vincent, Warwick F.; Comte, Jérôme; Lovejoy, Connie et Culley, Alexander I. (2018). Chlorovirus and myovirus diversity in permafrost thaw pondsAquat. Microb. Ecol., 82 (2) : 209-224.

DOI : 10.3354/ame01893

Przytulska, Anna; Comte, Jérôme; Crevecoeur, Sophie; Lovejoy, Connie; Laurion, Isabelle et Vincent, Warwick F. (2016). Phototrophic pigment diversity and picophytoplankton in permafrost thaw lakesBiogeosciences, 13 (1) : 13-26.

DOI : 10.5194/bg-13-13-2016

Comte J, Berga M, Severin I, Logue JB & Lindström ES (2017) Contribution of different bacterial dispersal sources to lakes: Population and community effects in different seasonsEnviron. Microbiol. 19(6):2391-2404.

DOI: 10.1111/1462-2920.13749

Comte J, Langenheder S, Berga M & Lindstrom ES (2017) Contribution of different dispersal sources to the metabolic response of lake bacterioplankton following a salinity changeEnviron. Microbiol. 19(1):251-260.

DOI: 10.1111/1462-2920.13593

Crevecoeur S, Vincent WF, Comte J, Matveev A & Lovejoy C (2017) Diversity and potential activity of methanotrophs in high methane-emitting permafrost thaw pondsPLoS One 12(11).

DOI: 10.1371/journal.pone.0188223

Langenheder S, Comte J, Zha Y, Samad MS, Sinclair L, Eiler A & Lindstrom ES (2016) Remnants of marine bacterial communities can be retrieved from deep sediments in lakes of marine originEnviron. Microbiol. Rep. 8(4):479-485.

DOI: 10.1111/1758-2229.12392

Comte J, Lovejoy C, Crevecoeur S & Vincent WF (2016) Co-occurrence patterns in aquatic bacterial communities across changing permafrost landscapesBiogeosciences 13(1):175-190.

DOI: 10.5194/bg-13-175-2016

Comte J, Monier A, Crevecoeur S, Lovejoy C & Vincent WF (2016) Microbial biogeography of permafrost thaw ponds across the changing northern landscapeEcography 39(7):609-618.

DOI: 10.1111/ecog.01667

Zha Y, Berga M, Comte J & Langenheder S (2016) Effects of dispersal and initial diversity on the composition and functional performance of bacterial communitiesPLoS One 11(5).

DOI: 10.1371/journal.pone.0155239

Crevecoeur S, Vincent WF, Comte J & Lovejoy C (2015) Bacterial community structure across environmental gradients in permafrost thaw ponds: Methanotroph-rich ecosystemsFront. Microbiol. 6(mars).

DOI: 10.3389/fmicb.2015.00192

Logue JB, Findlay SEG & Comte J (2015) Editorial: Microbial responses to environmental changesFront. Microbiol. 6(déc).

DOI: 10.3389/fmicb.2015.01364

Monier A, Comte J, Babin M, Forest A, Matsuoka A & Lovejoy C (2015) Oceanographic structure drives the assembly processes of microbial eukaryotic communitiesISME J. 9:990-1002.

DOI: 10.1038/ismej.2014.197

Beattie SA, Armstrong D, Chaulk A, Comte J, Gosselin M & Wang F (2014) Total and methylated mercury in Arctic multiyear sea iceEnviron. Sci. Technol. 48(10):5575-5582.

DOI: 10.1021/es5008033

Comte J, Lindström ES, Eiler A & Langenheder S (2014) Can marine bacteria be recruited from freshwater sources and the air? ISME J. 8(12):2423-2430.

DOI: 10.1038/ismej.2014.89

Comte J, Fauteux L & Del Giorgio PA (2013) Links between metabolic plasticity and functional redundancy in freshwater bacterioplankton communitiesFront. Microbiol. 4(mai).

DOI: 10.3389/fmicb.2013.00112

Comte J & Del Giorgio PA (2011) Composition influences the pathway but not the outcome of the metabolic response of bacterioplankton to resource shiftsPLoS One 6(9).

DOI: 10.1371/journal.pone.0025266

Comte J & Del Giorgio PA (2010) Linking the patterns of change in composition and function in bacterioplankton successions along environmental gradientsEcology 91(5):1466-1476.

DOI: 10.1890/09-0848.1

Maurice CF, Bouvier T, Comte J, Guillemette F & del Giorgio PA (2010) Seasonal variations of phage life strategies and bacterial physiological states in three northern temperate lakesEnviron. Microbiol. 12(3):628-641.

DOI: 10.1111/j.1462-2920.2009.02103.x

Comte J (2010) Liens entre la structure et la performance métabolique des communautés bactériennes aquatiques en réponse aux gradients de l’environnement. (Thèse de Doctorat en biologie, Université du Québec à Montréal, Québec, Canada).