Jonathan Perreault

Jonathan Perreault

Expertises

Microbiologie, biochimie et ARN

  • Professeur à l’INRS

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Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie

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CANADA

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Intérêts de recherche

Régulation des gènes par des ARN non-codants chez les bactéries

L’ARN occupe un rôle central dans tous les organismes vivant. Il est connu depuis longtemps pour être en grande partie responsable de la synthèse des protéines et du transfert d’information contenu dans l’ADN. Cependant, ces dernières années les nouvelles fonctions connues de l’ARN se sont multipliées. En particulier, son rôle dans la régulation de divers processus cellulaires s’avère de plus en plus important. Les bactéries, possèdent des « riboswitch » qui lient directement des métabolites pour réguler des voies métaboliques, la mobilité bactérienne ou la formation de biofilm; ainsi que de petits ARN qui régulent une profusion de gènes; ces ARN ne sont que quelques exemples de nos connaissances grandissantes des rôles de l’ARN dans la régulation.

Actuellement, les technologies de séquençage d’ADN permettent d’obtenir le code génétique d’organismes variés pour une fraction du coût d’il y a dix ans. L’accroissement exponentiel de la taille des banques de séquences d’ADN offre de grandes opportunités pour la découverte d’ARN aux structures complexes via la génomique comparative. Initialement, ces découvertes ont été faites dans des organismes dont le génome a été entièrement séquencé. Cependant, des travaux récents en métagénomiques ont montré un potentiel pour étudier les microorganismes au niveau de leur communauté. Une meilleure connaissance de la régulation génique a un grand potentiel pour améliorer notre compréhension des processus impliqués dans les sols contaminés ou la bioremédiation entre autres, permettant ainsi une optimisation des procédés utilisés. Que ce soit dans l’eau, le sol ou nos intestins, les bactéries sont omniprésentes, elles ont un impact sur leur environnement, mais celui-ci a aussi un impact sur les bactéries. Cet environnement déterminera si certaines bactéries sont bénéfiques ou néfastes. Tel est le cas de plusieurs espèces de Burkholderia, des bactéries qui peuvent avoir un impact positif sur l’environnement, mais qui peuvent être des pathogènes opportunistes particulièrement redoutables pour les patients atteints de fibrose kystique. Les genres Burkholderia et Pseudomonas font partie des modèles étudiés par le professeur Jonathan Perreault et son équipe.

Ces derniers utilisent différentes approches pour étudier les ARN impliqués dans la régulation microbienne. Ils profitent aussi de la richesse des banques de données de séquences en utilisant des outils bioinformatiques pour découvrir de nouveaux ARN et déterminer l’étendue de leur influence. Le professeur Perreault et son équipe tirent profit des outils de la biologie moléculaire, de la biochimie et de la génétique pour découvrir de nouveaux ARN et étudier les ARN dont la fonction demeure inconnue.

 

Sélection d’ARN ayant des propriétés de récepteurs

En parallèle, le professeur Jonathan Perreault et son équipe travaillent sur des méthodes qui permettent non seulement de découvrir des ARN capables de lier de petites molécules dans les bactéries (tels les riboswitchs), mais également des ARN artificiels ayant ce type de propriétés. De tels ARN peuvent être utilisés comme biosenseur afin de détecter des molécules variées dont on voudrait vérifier la présence.

Fonctions et biographie

Le professeurJonathan Perreault est diplômé de l’Université de Sherbrooke où il a obtenu son B. Sc. (biologie) et son Ph. D. (biochimie). Après un stage post-doctoral de trois ans à la Yale University dans le laboratoire du Dr. Ronald Breaker, il a joint l’INRS comme professeur en 2011.

Publications

JEAN-PIERRE, F., PERREAULT, J. & DEZIEL, E. (2015)
Complex autoregulation of the post-transcriptional regulator RsmA in Pseudomonas aeruginosa,
Microbiology, 161, 9, 1889-96.

 

LI, J., CAI, A., DING, L. B., SELLAMUTHU, B. & PERREAULT, J. (2015)
Aerobic sludge granulation in a Reverse Flow Baffled Reactor (RFBR) operated in continuous-flow mode for wastewater treatment,
Separation and Purification Technology, 149, 437-444.

 

EL KORBI, A., OUELLET, J., NAGHDI, M. R. & PERREAULT, J. (2014)
Finding instances of riboswitches and ribozymes by homology search of structured RNA with infernal,
Methods in Molecular Biology, 1103, 113-26.

 

PHAM, H. T., JOUSSET, F. X., PERREAULT, J., SHIKE, H., SZELEI, J., BERGOIN, M. & TIJSSEN, P. (2013)
Expression Strategy of Aedes albopictus Densovirus,
Journal of Virology, 87, 17, 9928-9932.

 

CHAPALAIN, A., VIAL, L., LAPRADE, N., DEKIMPE, V., PERREAULT, J. & DEZIEL, E. (2013)
Identification of quorum sensing-controlled genes in Burkholderia ambifaria,
Microbiologyopen, 2, 2, 226-242.

 

HAMMANN, C., LUPTAK, A., PERREAULT, J. & DE LA PEÑA, M. (2012)
The ubiquitous hammerhead ribozyme
RNA , 18, 5, 871-885.

 

PERREAULT, J., WEINBERG, Z., ROTH, A., POPESCU, O., CHARTRAND, P., FERBEYRE, G. & BREAKER, R. R. (2011)
Identification of hammerhead ribozymes in all domains of life reveals novel structural variations
PLoS Computational Biology , 7, 5, e1002031.

 

WEINBERG, Z., PERREAULT, J., MEYER, M. M. & BREAKER, R. R. (2009)
Exceptional structured noncoding RNAs revealed by bacterial metagenome analysis
Nature , 462, 7273, 656-9.

 

PERREAULT, J., PERREAULT, J. P. & BOIRE, G. (2007)
Ro-associated Y RNAs in metazoans: evolution and diversification
Molecular Biology and Evolution , 24, 8, 1678-89.

 

NEHDI, A., PERREAULT, J., BEAUDOIN, J. D. & PERREAULT, J. P. (2007)
A novel structural rearrangement of hepatitis delta virus antigenomic ribozyme
Nucleic Acids Research , 35, 20, 6820-31.

 

LUCIER, J. F., PERREAULT, J., NOEL, J. F., BOIRE, G. & PERREAULT, J. P. (2007)
RTAnalyzer: a web application for finding new retrotransposons and detecting L1 retrotransposition signatures
Nucleic Acids Research , 35, Web Server issue, W269-74.

 

NANDI, S., SHI, B., PERREAULT, J. & GARTENHAUS, R. B. (2006)
Characterization of the MCT-1 pseudogene: identification and implication of its location in a highly amplified region of chromosome 20
Biochimica et Biophysica Acta , 1759, 5, 234-9.

 

PERREAULT, J., NOEL, J. F., BRIERE, F., COUSINEAU, B., LUCIER, J. F., PERREAULT, J. P. & BOIRE, G. (2005)
Retropseudogenes derived from the human Ro/SS-A autoantigen-associated hY RNAs
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PELCHAT, M., ROCHELEAU, L., PERREAULT, J. & PERREAULT, J. P. (2003)
SubViral RNA: a database of the smallest known auto-replicable RNA species
Nucleic Acids Research , 31, 1, 444-5.

 

DESCHENES, P., OUELLET, J., PERREAULT, J. & PERREAULT, J. P. (2003)
Formation of the P1.1 pseudoknot is critical for both the cleavage activity and substrate specificity of an antigenomic trans-acting hepatitis delta ribozyme
Nucleic Acids Research , 31, 8, 2087-96.